سابقه نهاد در دانشگاه ‌ها به زمان حضرت امام خمينی (ره) برمی‌گردد. پس‌ از انقلاب فرهنگی و بازگشايی دانشگاه‌ها به ‌منظور جلوگيری از توطئه‌هایی که درصدد جدا کردن دو قشر روحانی و دانشگاهی از يکديگر بودند، امام راحل (ره) انديشه وحدت حوزه و دانشگاه را پایه‌گذاری کردند. بر اساس اين انديشه حضور روحانيان آگاه و خوش‌فکر، در دانشگاه‌ها ضروری به نظر می‌رسيد و پس ‌از آن بود که نمايندگان امام در دانشگاه‌های مهم کشور، فعاليت خود را آغاز کردند.

پس از ارتحال جان‌گداز حضرت امام (ره) با توجه به توسعه دانشگاه‌ها به دستور حضرت آیت‌الله خامنه‌ای، نهاد نمايندگی مقام معظم رهبری در دانشگاه‌ها تأسيس گرديد و اولين اساسنامه آن در سال 1369 به تصويب شورای عالی انقلاب فرهنگی رسيد. پس‌ازآن اساسنامه ديگری بنا بر مقتضيات و نيازهای جديد، تدوين و در سال 1372 به تصويب شورای عالی انقلاب فرهنگی رسيد که اينک مبنای کار نهاد نمايندگی می‌باشد. مقام معظم رهبری در جلسه پرسش و پاسخ که در تاريخ 22 اردیبهشت 1377 در دانشگاه تهران برگزار شد، فرمودند: قبل از زمان من هم اين نهاد بود، من آمدم و درواقع اين نهاد را مقداری ويراستاری کردم.

نهاد نمايندگي مقام معظم رهبري در دانشگاه‌ها حسب عنايت و دستور حضرت آيت‌الله خامنه‌ای (مدظله‌العالی) باهدفی متعالی و در راستای ايجاد دانشگاه مؤمن و متعبد به هدايت الهي و در راستای تبيين ارزش‌های اسلامی و تعميق آگاهی‌های دينی و اعتقادی دانشجويان و دانشگاهيان و بر اساس مصوبه نهايی اسفندماه سال 1372 شورای عالی انقلاب فرهنگی مبنی بر ايجاد سازمانی جديد برای تحقق منويات معظم‌ له، بر اساس اهداف و وظايف معين تشكيل گرديد كه در كليه دانشگاه‌ها و مراكز آموزش عالي به انجام وظايف مصرح در اساسنامه می‌پردازد.

نهاد نمايندگي در دانشگاه‌ها در جهت نيل به اين اهداف و وظايف الهي دو اصل مهم و اساسي را فراروی خود قرار داده است:

1 - تأكيد و تلاش جدی بر حركت‌های زيربنايی و عميق فرهنگی در راستای رشد و توسعه انديشه‌ها و آگاهی‌های دينی و اسلامی دانشجويان و دانشگاهيان.

2 - ايجاد و تقويت روحيه تحرك و مشاركت فعال دانشجويان و دانشگاهيان در عرصه فعالیت‌های سياسی، اجتماعی و فرهنگی در سطح جامعه و دانشگاه‌ها.

بر همين اساس نهاد نمايندگي مقام معظم رهبری در دانشگاه‌ها با اهتمام و جديت تمام نسبت به برنامه‌ريزی و ايجاد هماهنگي و ارتباط با نهادها و تشكل‌های دانشجويی اقدام نموده و در جهت ايجاد ارتباط با اساتيد و نيروهای فرهنگی و مذهبی گام‌های مؤثری برداشته است.